רות הכהן-פינצ'ובר היא בוגרת החוגים למוזיקולוגיה ומחשבת ישראל מן האוניברסיטה העברית,  מוסמך במוזיקולוגיה, ובעלת תואר דוקטור במוזיקולוגיה משנת 1992. מחקריה של רות הכהן-פינצ׳ובר עוסקים במגוון רחב של נושאים מתחום המוסיקה המערבית והיהודית וההגות אודותיהן.  היא מתמקדת בתפקידה של המוזיקה בעיצוב ושיקוף של תהליכים והקשרים תרבותיים ופוליטיים רחבים. עם פרופ' רות כ"ץ  פרסמה שני כרכים אודות המהפך הפרדיגמטי שהובילה המחשבה אודות המוזיקה מתפיסת האמנות כמחקה את העולם הקיים להבנתה כיוצרת עולמות (Transaction, 2003)  . רות עוסקת רבות בתרומתה של המוסיקה להיסטוריה של הרגשות,  בסוגיות של מוזיקה ודת, חברה ופוליטיקה, מוזיקה יהודית,  כמו כן פרסמה  מחקרים אודות המוזיקה של באך, מנדלסון, ואגנר וארנולד שנברג, בדגש על היבטים סמיוטיים תיאולוגיים.  ספרה המרכזי, "עלילת הרעש" של הנוצרים כנגד היהודים(The Music Libel Against the Jews, Yale UP 2011)  הוא זוכה פרס קינקלדי מטעם האגודה האמריקאית למוסיקולוגיה ופרס פולונסקי למקוריות ויצירתיות במדעי הרוח.  הספר חוקר את התיוג של היהודי כמפיק רעש בעולם נוצרי שנתפס כנשלט על ידי צלילים הרמוניים. הספר יצא בתרגום לעברית ב-2021 בהוצאת מאגנס. זיקותיה של המוזיקה לעולמות פוליטיים מגוונים  נידונו בספרה האחרון, עם ירון אזרחי להלחין כוח, לשיר חירות: קשרים גלויים וסמויים בין מוסיקה ופוליטיקה במערב  שיצא לאור ב-2017 בהוצאת ון ליר והקיבוץ המאוחד.  ספר זה זכה אף הוא בפרס פולונסקי.  רות עומדת להשלים בקרוב את ספרה אודות איוב הסובל כפטרון המוזיקה.   

הכהן-פינצ'ובר הקימה עם עמיתים וניהלה את תכנית מלגאי הנשיא במדעי הרוח, עמדה בראש בית הספר (כיום המכון) לאמנויות (2013—2015) ובראש תכנית  עמיתי מרטין בובר במדעי הרוח והחברה באוניברסיטה העברית(2014–2017).  על תפקידיה, הוראתה ומחקריה זכתה בפרס הרקטור ב-2014. היא כיהנה כראשת החוג למוסיקולוגיה בין השנים 2001-204, ובין 2012-2013.  פרופ' הכהן-פינצ'ובר היא דירקטורית בספריה הלאומית מאז 2018 וחברה בחבר הנאמנים של מכון ון ליר ירושלים מאז 2016. 

פרופ׳ הכהן-פינצ׳ובר הרצתה ושהתה במרכזי מחקר שונים בעולם, בין היתר במכונים ללימודים מתקדמים בברלין ובפרינסטון, במכון רוקפלר בבלג'יו, ובמרכז סכוליון באוניברסיטה העברית; באוניברסיטאות אוקספורד, קיימברידג', וינה, בראון, ג'ונס הופקינס, דיוק, צפון קרוליינה, ניו יורק, באוניברסיטה האירופית בבודפסט, באוניברסיטה החופשית בברלין, בקונסטנץ ועוד. באביב 2022 תשהה כפרופסור אורחת (Greenberg Professor in Jewish Studies) באוניברסיטת שיקגו.