הבחינה האינטגרטיבית בחוג למוסיקולוגיה היא בחינת הגנה על עבודת הגמר (תיזה). מועד הבחינה יקבע סמוך להגשתה. הבחינה מהווה 15% מהציון הסופי של התואר. ככלל, בחינות יתקיימו בשתי פעימות, בחודש יוני ובחודש דצמבר של השנה האחרונה ללימודים (ובהתאם למספר המסיימים בכל סמסטר). ההגנה על התיזה היא אירוע פתוח של החוג ויוזמנו אליו גם סטודנטים מתואר ראשון ושני, חברים ובני משפחה. 

ראשיתה של הבחינה בהרצאה בעל פה בת עשרים דקות במהלכה יוצגו עיקרי הטיעונים בתיזה על ידי הסטודנט.ית, לרבות המתודולוגיות שבאמצעותן פותחו טיעונים אלה (היבטים הקשורים לעבודת שדה, עבודה ארכיונית, תיאוריות תרבות, שיטות מחקר כמותניות או איכותניות וכו'), הסיבות לבחירות באותן מתודולוגיות, היבטים היסטוריוגרפיים של התחום (ככל שהדבר רלוונטי), מיקום העבודה בשדה המחקרי העכשווי של תחום המחקר (או, התייחסות לספרות מחקרית וממצאים בתחום), ולבסוף חידושה או תרומתה של התיזה ביחס לשיח המחקרי והספרות שבעקבותיו. 

לאחר המונולוג הזה יתקיים דיון בין הסטודנט.ית למרצי החוג. הדיון יכלול שאלות עוקבות על הנושאים וההיבטים מתודולוגיים/היסטוריים/מחקריים שהועלו. אורכו של הדיון יהיה כחצי שעה.