מרצה וחוקר בחוג למוסיקולוגיה באוניברסיטה העברית בירושלים. שטח המחייה המקצועי שלו הוא ניתוח מבני של המוסיקה המערבית הטונאלית, תוך דיון בסוגיות התיאורטיות הנלוות לשיטות הניתוח ובעיקר לשיטת שנקר. ערק זמנית משדות המחקר הקלאסיים לטובת כמה הרפתקאות מחקריות בתחום המוסיקה הפופולרית. ספרו "הביטלס: שבע השנים הטובות" ראה אור בהוצאת "מאגנס" עם תום האלף הקודם וספרו על המוסיקה של סשה ארגוב, יצא לאור ע"י מוסד ביאליק עם פרוס האלף הנוכחי. לשם חקר שיריו של ארגוב העמיד וגנר שיטה סדורה לבדיקת יחסי מילה וצליל סביב הגורם הפרוזודי. כעת הוא שרוי בעיצומו של חקר המוסיקה בעיני הסיפורת – כיצד מיוצגת מוסיקה (אמיתית או פיקטיבית) בטקסט ספרותי וכיצד ייצוגיה מתפקדים בעיצוב העלילה.