הבחינה האינטגרטיבית בחוג למוסיקולוגיה היא בחינת הגנה על התיזה, ומכאן שניתן לקבוע את מועדה רק אחרי הגשת התיזה. הבחינה מהווה 15% מהציון הסופי של התיזה וככזו היא חלק בלתי נפרד ממנה. בחינות תקבענה בסופי סמסטרים, ובהתאם למספר המסיימים את עבודות המסטר שלהן בכל סמסטר. אירוע ההגנה על התיזה הוא אירוע פתוח של החוג ויוזמנו אליו גם סטודנטיות מתואר ראשון ושני.

ראשיתה של הבחינה במונולוג בן עשרים דקות במהלכן יוצגו עיקרי הטיעונים בתיזה, המתודולוגיות שבאמצעותן פותחו טיעונים אלה (לרבות היבטים הקשורים לעבודת שדה, עבודה ארכיונית, תיאוריות תרבות וכו'), הסיבות לבחירות באותן מתודולוגיות, לרבות היבטים היסטוריוגרפיים של התחום (ככל שהדבר רלוונטי), מיקום העבודה בשדה המחקרי העכשווי של תחום המחקר, וחידושה של התיזה ביחס לשיח והספרות בתחום.

לאחר הצגת כל ההיבטים האלה בע"פ יתקיים דיון בין הסטודנט.ית למורי החוג. הדיון יכלול שאלות עוקבות על הנושאים וההיבטים המתודולוגיים/היסטוריים/מחקריים שהועלו. אורכו של הדיון יהיה כחצי שעה.